Фамилия Жанкишиев — тюркская по корням, и её происхождение напрямую связано с мусульманским мужским именем Жанкиши. Это имя составное, и его разбор даёт ключ к пониманию того, как могли прозвать родоначальника фамилии.

Первая часть — «джан» (или «жан»), восходит к древнетюркскому слову со значением «душа», «дух». В переносном смысле это слово означало «близкий, дорогой, как душа». Вторая часть, по одной из версий, связана с казахским «кишкене» — «маленький, небольшой». Таким образом, имя Жанкиши можно перевести как «малая душа» или «душенька». Обычно такое имя давали ребёнку, который был очень похож на отца, как бы являясь его уменьшенной копией.

Исторически фамилия уходит корнями в XV–XVII века, в среду тюркских народов, испытавших влияние Золотой Орды, печенегов или половцев. В русском контексте фамилия закрепилась через служилых людей восточного происхождения: многие дворяне в России того времени были нерусскими по крови, и их фамилии на -ев указывали на принадлежность к определённому роду. Суффикс -ев в данном случае — русский патронимический формант, присоединённый к тюркской основе, что типично для фамилий, возникших на стыке культур.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, у Жанкишиевых основа не усекается: полное имя Жанкиша дало форму Жанкишиев, а не Жанкишов. Эта деталь указывает на то, что имя родоначальника звучало как Жанкиши (с окончанием -и), а не как Жанкиш. Такая модель встречается реже и подчёркивает сохранение исходной огласовки имени в фамилии.