Фамилия Жанкишиев происходит от мусульманского мужского имени Жанкиши. Это имя составное, и его разбор помогает понять, кем могли быть предки носителя фамилии. Первая часть — «жан» (в тюркских языках часто передаётся как «джан») — восходит к древнетюркскому слову со значением «душа, дух», а также «близкий, дорогой, как душа». Вторая часть, «киши», образована от казахского слова «кішкене», то есть «маленький, небольшой». Один из вариантов перевода всего имени — «малая душа». По традиции такое имя могли дать ребёнку, который очень похож на отца: как бы «маленькая копия» родителя, его души.

Фамилия образована по русской модели при помощи патронимического суффикса -ев. В тюркских языках суффикс -ев (как и -ов) присоединялся к именам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -и, чтобы создать фамилию по отцу: Жанкишиев буквально означает «сын (или потомок) Жанкиши». Такая модель широко распространилась среди казахов и других народов Центральной Азии в XIX–XX веках, когда при переписях и оформлении документов русская администрация фиксировала фамилии по отчеству.

Географически фамилия Жанкишиев тяготеет к Казахстану, особенно к южным и западным регионам, где распространены сложные имена с компонентом «жан». Встречается она и среди других тюркоязычных народов, но реже. В русском написании возможны варианты: Жанкишев, Джанкишиев — они отражают особенности произношения в разных диалектах. Однако форма через -и- (Жанкишиев) наиболее точно передаёт исходное имя.

Интересно, что имя Жанкиши не является каноническим арабским или персидским, а создано по народной тюркской модели: оно составлено из двух осмысленных корней, а не заимствовано из исламского именослова. Такие имена часто давали, чтобы подчеркнуть индивидуальность ребёнка или его сходство с родственником, не привязываясь к строгой религиозной традиции. Поэтому фамилия Жанкишиев — не просто указание на происхождение, а отсылка к конкретному семейному прозвищу, которое когда-то закрепилось за предком.