Фамилия Жанкишиев ведёт начало от мусульманского мужского имени Жанкиши. Как и большинство имен восточного происхождения, имя Жанкиши имеет сложную основу. Первая часть этого имени восходит к древнетюркскому слову «джан», которое в переводе на русский язык означает «душа, дух»; «близкий, дорогой, как душа». Вторая часть имени происходит от казахского слова «кишкене», то есть «маленький, небольшой». Таким образом, один из вариантов перевода этого имени звучит как «малая душа». Обычно такое имя давали ребенку, который очень похож на своего отца.