Фамилия Жаунер — редкая и нестандартная для русской ономастики. Её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями, а указывает на западноевропейское, скорее всего, немецкое или прибалтийское влияние. В русском языке фамилия сохранила иноязычную основу без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский, что само по себе говорит о позднем закреплении или о нерусском происхождении носителя.

В основе фамилии лежит немецкая фамилия Jauner или Jauner. Её можно связать с двумя версиями. Первая: от средневерхненемецкого «jauner» — бродяга, плут, мошенник. В средние века так называли странствующих торговцев или людей без определённых занятий, что нередко становилось прозвищем, а затем и фамилией. Вторая, более нейтральная версия: от топонима — например, населённого пункта Jaun (в Швейцарии) или Jauns (в Латвии). В таком случае Жаунер — указание на выходца из этих мест.

На русской почве фамилия могла появиться в XVIII–XIX веках вместе с переселенцами из немецких колоний, из Прибалтики или через офицеров и специалистов, приглашённых на службу. Вариант написания «Жаунер» вместо «Яунер» — результат адаптации немецкого звука «J» под русское произношение. Это характерно для южных и западных губерний Российской империи, где немецкие фамилии часто русифицировали на слух.

Фамилия не имеет отношения к тюркским или восточным корням, несмотря на непривычное звучание. Встречается она крайне редко, и сегодня её носители живут в основном на постсоветском пространстве, а также в Германии. Поиск по архивам может вывести на записи о мещанах, ремесленниках или военных — именно в этих сословиях чаще всего фиксировались подобные фамилии.