Фамилия Ждунова — женская форма мужской фамилии Ждунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Ждун. В древнерусском языке слово «ждать» имело то же значение, что и сегодня, поэтому Ждуном могли назвать человека, который долго ждал (например, позднего ребёнка, долгожданного гостя) или, напротив, отличался медлительностью, заставлял себя ждать.

Фамилия образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе на твёрдый согласный добавлялся суффикс -ов (сын Ждуна → Ждунов). Суффикс -ин здесь неуместен, так как он присоединяется к основам на -а/-я. Важно отметить, что слово «ждун» не было официальным крестильным именем, а бытовало в качестве прозвища или мирского имени в крестьянской и посадской среде до XVII века.

Встречаются и альтернативные толкования. Иногда Ждунова связывают с диалектным глаголом «ждать» в значении «выжидать, подкарауливать» — тогда прозвище мог получить охотник или сторож. Однако более правдоподобной остаётся версия с «долгожданным» или «медлительным» человеком, так как подобные прозвища по характеру или обстоятельствам рождения типичны для русских фамилий (ср. Нежданов, Жданов).

По географии фамилия Ждунова встречается относительно редко, преимущественно в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. Это говорит о том, что родоначальник Ждуновых жил в зоне расселения русского народа, где активно работала модель на -ов. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждает её простое, бытовое происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Жданов, Нежданов, Жданович) показывает, что Ждунов — один из вариантов, где корень остался в более архаичной форме. В отличие от «Жданова» (от «жданный»), «Ждунов» сохранил основу настоящего времени глагола, что встречается реже. Эта особенность делает фамилию ценной для историков языка: она зафиксировала живую разговорную форму, которая почти не попала в письменные источники.