Фамилия Ждунов — редкий пример, где корень сохранил почти буквальное значение, но с историческим оттенком. В основе лежит древнерусское прозвище Ждун. Вопреки современному ощущению, «ждун» в XVI–XVII веках означало не пассивного человека, а того, кто постоянно ждал по делу: сторожа, караульщика, дозорного, а иногда и просто медлительного, неторопливого человека. Прозвище давали либо по занятию (например, сторож на заставе или на гумне), либо по характеру.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Ждунов — буквально «сын Ждуна». Это одна из самых распространённых форм в центральной и северной России, но сама основа редка. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» корень «жду-» упоминается как один из вариантов прозвищ от глагола «ждать», но без массового распространения.

Географически фамилия встречается разрозненно, без явного гнезда. По данным переписей XIX века, Ждуновы фиксировались в Вятской, Костромской и Пермской губерниях — регионах, где были развиты сторожевые службы на лесных заставах и при речных переправах. Возможно, предок носителя фамилии нёс караул на соляном или хлебном тракте.

Стоит отличать Ждунова от похожих фамилий: Жданов (от имени Ждан — «желанный, долгожданный ребёнок») — это совершенно другая, гораздо более массовая основа. Ждунов семантически ближе к фамилиям Караулов, Сторожев, Дозоров — все они образованы от названий службы или свойства, а не от имени.

В современных базах Ждунов остаётся редкой фамилией. Встретить её можно в основном на Урале и в Поволжье, что подтверждает версию о происхождении от прозвища, связанного с бытовой или сторожевой должностью.