Фамилия Жидунов — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища через суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «чей?» — Жидунов, то есть сын или потомок Жидуна. Само прозвище Жидун, по наиболее убедительной версии, связано с прилагательным «жидкий»: так в народе могли назвать человека тщедушного, слабосильного или, в переносном смысле, ненадёжного.

Менее вероятна, но всё же встречается в словарях связь со словом «жид». В русских говорах так нередко называли не еврея по национальности, а скупого и корыстного человека. Эта версия основана на переносном значении, которое бытовало в крестьянской среде и не имело отношения к этническому происхождению. Гипотеза о том, что прозвище напрямую указывало на еврейское происхождение, выглядит наименее правдоподобной: в условиях, где фамилии складывались в основном у православного населения, такое прозвище скорее дали бы за характер или внешность, чем за вероисповедание.

Модель образования — типичная для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ов и -ин вытеснили более древние формы. Встречаемость фамилии Жидунов невысока, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, прозвище закрепилось в одной-двух деревнях и не получило широкого распространения.