Фамилия Жидунов образована от прозвища Жидун, которое восходит к прилагательному "жидкиий". Однако не исключено, что данное прозвище связано со словом «жид» — обычно так называли скупого, корыстного человека. Менее правдоподобной представляется версия, согласно которой, прозвище Жидун восходит к нарицательному «жид» в значении «еврей». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Жидун, со временем получил фамилию Жидунов.