Фамилия Жендковский — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ский. В русской ономастике это почти всегда маркер дворянского или шляхетского происхождения (польская или западнорусская модель). Такие фамилии образовывались от названий имений, местечек или усадеб: владелец поместья Жендково (или Жендки) получал прозвание по владению. То есть первый носитель, скорее всего, был шляхтичем, владевшим хутором или деревней с корнем «жендк-» в названии.

Сам корень — тёмный и редкий. В польском языке есть слово «żęd» (ряд, порядок) и его производные, но для фамилии Жендковский более вероятна связь с диалектным «żęda» или «żądło» (жало). Однако прямое значение здесь вряд ли сохранилось: географические названия часто возникали от прозвищ первопоселенцев или особенностей местности. Возможна и версия, что основа восходит к личному имени Жендко — уменьшительной форме от Ждан (Жданович, Жданко). В таком случае Жендковский — это «потомок Жендка», но с польским шляхетским суффиксом, что для русских земель нехарактерно: обычно в аналогичной ситуации получилась бы фамилия Жендков.

Географически фамилия привязана к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, западной Украине, восточной Польше. В метрических книгах XIX века Жендковские встречаются в Гродненской и Минской губерниях, реже — на Волыни. После разделов Польши часть носителей перешла в православие, но фамилия сохранила польскую форму. В России она осталась редкой: по переписям XX века её носители фиксируются в основном в Брестской и Гомельской областях, а также среди потомков эмигрантов первой волны в США и Канаде.

Словообразовательный разбор прост: корень «жендк-» + суффикс принадлежности «-ов-» (редуцированный до «-овск-» перед «-ий») + окончание. Формально это типичная польская фамилия на -owski, русифицированная в написании (в оригинале было бы Żędkowski). В белорусском варианте могла звучать как Жандкоўскі. Споров о происхождении корня немного: все исследователи сходятся на том, что это локативная фамилия, а не профессиональная или отчественная. Единственная альтернативная гипотеза — от прозвища «жендок» (непоседа, егоза) — держится на одном диалектном употреблении и не подтверждена географией фамилии.