Фамилия Женуньки — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно присмотреться к её окончанию. В русской традиции фамилии на -уньк (или -унк) почти не встречаются, зато они типичны для украинской и белорусской ономастики. Суффикс -уньк- в этих языках — уменьшительно-ласкательный, он образует прозвища и имена вроде «Марунька» (от Мария) или «Іванунька» (от Иван). Фамилия Женуньки, скорее всего, родилась в западнорусских или малороссийских землях как патроним: «чей?» — «Женунькин» или «Женуньки», то есть потомок человека по прозвищу Женунька.

Основа здесь — Жен-, и это сразу отсылает к глаголу «жать» (сжинать хлеб). Прозвище Женунька могли дать человеку, который был искусным жнецом, или, напротив, тому, кто постоянно опаздывал с уборкой урожая. В говорах слово «жнец» звучало как «жнець», а уменьшительная форма «жненя» или «женунька» вполне могла закрепиться за деревенским работником. Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «женить» означало «сватать, справлять свадьбу». Тогда Женунька — это прозвище свата или человека, который часто бывал на свадьбах.

Поскольку фамилия оканчивается на -и, а не на -ов или -ин, она могла сохраниться в форме множественного числа (как, например, у поляков или украинцев: «Женуньки» — целый род). В России такие фамилии чаще встречались на юге, в Курской, Воронежской губерниях или на Слобожанщине. Сословно носители почти наверняка были крестьянами или казаками: фамилия слишком конкретна для дворянства, которое обычно брало более книжные или географические основы.

В современном мире фамилия Женуньки встречается единично. Её носители, если захотят проследить корни, скорее всего, уйдут в украинские или белорусские метрики конца XVIII — начала XIX века, где прозвища на -унька были обычным делом.