Фамилия Жилкайдарова — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — казахское имя Жылқайдар, которое состоит из двух тюркских корней: «жылқы» (лошадь, табун) и «айдар» (пучок волос на макушке, чуб, хохолок, а также мужское имя Айдар). В казахской традиции мальчику могли дать имя Жылқайдар, желая, чтобы он был быстрым, как конь, или чтобы у него был «конский» чуб — символ силы и удали. Суффикс -ов(-а) в данном случае не русский патронимический, а русифицированное окончание, которое массово добавляли к казахским фамилиям при советской паспортизации в 1920–1930-е годы. Поэтому мужская форма фамилии — Жилкайдаров, женская — Жилкайдарова.

Корень «жылқы» встречается и в других казахских фамилиях (Жылкыбаев, Жылкышиев), но сочетание с «айдар» нечастное. Это указывает на то, что фамилия восходит не к родовому имени или профессии, а к личному прозвищу или имени конкретного предка. Вероятнее всего, основатель рода носил имя Жылқайдар, и при переходе в официальную фамилию оно записалось с типичной для того времени огласовкой «Жилкайдар» — через «и» вместо «ы». Такая замена гласного характерна для русской транскрипции казахских слов: твердый «ы» заменялся на более привычный «и».

С точки зрения социального происхождения, владельцы этой фамилии — потомки кочевников-скотоводов. Связь с лошадью («жылқы») прямо указывает на традиционный уклад: предки могли быть табунщиками, конезаводчиками или просто людьми, чей достаток измерялся количеством коней. В отличие от русских фамилий, где суффикс -ов часто означал принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), здесь он выполняет чисто формальную роль, превращая личное имя в наследственную фамилию.

Фамилия географически привязана к Казахстану, в первую очередь к южным и центральным регионам (Алматинская, Жамбылская, Кызылординская области). В России и других странах СНГ она встречается единично, как результат миграции. Двойная фамилия или вариант с дефисом (например, Жилкайдаров-...) для неё нехарактерны. Фактически, это прямой слепок казахского антропонима, лишь слегка адаптированный под русскую грамматику.