Фамилия Жилкайдаров происходит от личного имени Жилкайдар. Это составное имя, и его части несут разный смысл. Первая часть, «Жил», скорее всего, связана с казахским словом «жыл» — «год». Вторая часть, «Кайдар», представляет собой местный вариант арабского имени Гайдар (Хайдар), которое переводят как «лев». Таким образом, имя Жилкайдар могли дать мальчику, родившемуся в год Льва по восточному календарю, соединив в имени и год, и зодиакальный символ. Впрочем, родители могли вкладывать и более прямой смысл: желая сыну силы и здоровья, они называли его «львом», а уточнение «год» могло просто указывать на время рождения.

Имя и фамилия закрепились в Казахстане. В Книге памяти Алма-Атинской области сохранились записи о носителях фамилии: Жилкайдаров Нисимбай (родился в 1878 году, Каратальский район) и Жилкайдаров Сагит-Сары (родился в 1894 году). Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в Семиречье уже в XIX веке. Суффикс «-ов» в фамилии — типичный русский патронимический формант, который добавили к казахскому имени при оформлении документов, поэтому окончание фамилии не меняет её тюркской основы. Сама же фамилия — редкий пример того, как восточный календарь и арабская лексика соединились в одном имени.