Фамилия Жилкишбаева — редкий пример, когда русский суффикс накладывается на тюркскую основу, причём нестандартным способом. На слух она звучит как типичная «русская» фамилия с суффиксом -ев, но её корень — казахский или башкирский, а женский род (окончание -а) указывает, что исходная мужская форма — Жилкишбаев.

Разберём основу. Первая часть — «жилкиш» — скорее всего, искажённое или диалектное произношение тюркского имени или прозвища. В казахском и башкирском языках есть слово «жилки» (жылкы) — «лошадь», «конь». Вторая часть «бай» — «богач», «хозяин», «господин». Соединяя их, получаем «Жилкишбай» — «конный богач», «владелец табунов». Имя-пожелание, типичное для кочевых народов: оно сулило мальчику богатство в виде коней, которые ценились выше всего. Суффикс -ев (а не -баев) — это адаптация к русской грамматике: в документах XIX–XX веков тюркские имена часто русифицировали, добавляя привычные окончания, но сохраняя внутреннюю форму.

Модель образования здесь нестандартная: если бы фамилия была чисто тюркской, она имела бы вид Жилкишбайулы или Жилкишбайкызы. Но русский суффикс -ев превратил её в фамилию, которую носила, скорее всего, семья из среды казахов, башкир или татар, перешедшая на оседлость и попавшая в русскую бюрократическую систему. Встречается она преимущественно в западном Казахстане (Атырауская, Западно-Казахстанская области) и в прилегающих районах Оренбуржья.

Ударение, по правилам русской грамматики, падает на второй слог: Жилки́шбаева. В тюркской среде могут произносить с ударением на последний слог (Жилкишба́ева), но в официальных документах закрепился первый вариант. Споров о происхождении корня почти нет — версия с «лошадью» и «богатством» наиболее убедительна, альтернативные толкования (от «жилки» как «жила» или «сухожилие») лингвистически слабы и не подтверждаются ономастикой.