Фамилия Жилюнова — редкий пример, где за основу взято прозвище, образованное с помощью суффикса -ун-. Такие прозвища в русском языке обычно обозначают человека, склонного к какому-то действию или обладающего яркой чертой: болтун, молчун, ворчун. Жилюн — из того же ряда.

Что именно означало это прозвище — вопрос открытый, и тут есть три версии. Первая: от слова «жила» в значении «крепкий, жилистый человек». В старину так говорили о человеке с сильными, рельефными мышцами, выносливом и работящем. Вторая версия отсылает к вологодскому глаголу «жилиться» — «скупиться, скряжничать». Тогда прозвище Жилюн указывало на бережливость, доходящую до прижимистости. Третья гипотеза, менее бытовая, связывает имя Жилюн с глаголом «жить»: такое мирское имя могли дать младенцу с пожеланием долгой и благополучной жизни.

В пользу того, что перед нами именно прозвище, а не имя, говорит сама модель: суффикс -ун чаще встречается в прозвищах, чем в древнерусских именах. Однако из исторических источников известны однокоренные именования: в словаре С. Б. Веселовского записаны князь Иван Иванович Жила Лыков (первая половина XVI века) и Булгак Захарьевич Жилин (1578 год, Кашира). Это подтверждает, что корень «жил-» был в ходу у разных сословий — от князей до служилых людей.

Фамилия Жилюнова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Жилюновых. Мужской вариант — Жилюнов. Такие фамилии на -ов типичны для центральной России и севера. Географически фамилия редкая, встречается точечно, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного прозвища, закрепившегося в небольшой местности.