Фамилия Жимонов — одна из тех, где корень не лежит на поверхности, и сразу бросается в глаза суффикс -онов. В русских фамилиях такой вариант встречается реже, чем привычные -ов или -ев, и часто указывает на то, что основа (прозвище или имя) оканчивалась на твёрдый согласный, но при этом входила в старую группу склонения на -о. Проще говоря, Жимонов могло образоваться от прозвища Жимон, а не от Жима.

Самая вероятная версия ведёт к древнерусскому глаголу «жать» в значении «сжимать, давить». Прозвище Жимон могли дать человеку с крепким рукопожатием, скупому или, наоборот, настойчивому — тому, кто «жмёт» до конца. В говорах слово «жимон» иногда употребляли в ироничном смысле: так называли прижимистого хозяина или того, кто любил пошутить с намёком на физическую силу.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «жим» означает «собрание, толпа», а суффикс -он мог указывать на принадлежность. Тогда Жимонов — потомок человека из рода, связанного с общиной или сбором людей. Однако это скорее предположение, так как фамилия не фиксируется в тюркоязычных ареалах массово.

Географически фамилия Жимонов встречается нечасто, преимущественно в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Волгоградской областях. Встречается и на Украине, но в единичных случаях. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде однодворцев или казачества, где прозвища часто становились родовыми именами без вмешательства духовенства.

Интересная деталь: ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог — Жимо́нов, что тоже характерно для образований от прозвищ с суффиксом -он. Если бы основа была от имени Жима (краткая форма от Евфимий или Ждан), ударение скорее сместилось бы на первый слог. Так что прозвищное происхождение здесь выглядит убедительнее.