Фамилия Жмачкин — один из тех случаев, когда народная речь сохранила в основе слово, которое сегодня почти вышло из обихода. Корень здесь — «жмак» или «жмачка». В русских говорах «жмакать» значило «жать, давить, мять», а «жмачок» или «жмачка» — комок чего-то сжатого, например, размятый хлеб, кусок глины или мятой бумаги. Не исключено, что прозвище Жмачок дали человеку плотного, коренастого телосложения — как бы «сбитому» или «сжатому». Но есть и другая, более бытовая версия: так могли назвать того, кто любил «жмакать» — то есть мять, тискать или давить что-то руками, возможно, в работе (например, в кожевенном или гончарном деле).

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Жмачки. Сама форма Жмачка — это уменьшительно-ласкательный вариант от прозвища Жмак. То есть фамилия буквально означает «потомок Жмачки». Такая цепочка характерна для северных и центральных областей России, где суффикс -ин активно присоединяли к основам на -а, -я.

В ономастических справочниках фамилия Жмачкин встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости. Сравнение с однокоренными фамилиями — Жмакин, Жмаков, Жмаев — показывает, что все они вышли из одного гнезда, но разошлись по разным диалектам: где-то «жмак» звучало твёрже, где-то мягче. Интересно, что в некоторых говорах «жмак» означало ещё и скупого человека (от «жать» в смысле «скупиться»), но эта версия менее вероятна, так как обычно такие прозвища закреплялись в форме Жмот или Жмуль, а не Жмак.

Социальный состав носителей фамилии Жмачкин, скорее всего, был крестьянским или ремесленным. В документах XVII–XIX веков подобные прозвища встречаются среди посадских людей и крестьян северных губерний — Вологодской, Архангельской, Костромской. Географическая привязка остаётся предположительной, но именно в этих краях слово «жмакать» было в ходу до начала XX века.