Фамилия Жолонковские (в мужском роде — Жолонковский) образована по польско-украинской модели с суффиксом -ский/-цкий, который изначально указывал на принадлежность к месту или роду. В данном случае это отчество второго порядка: Жолонковский — сын Жолонко, внук Жолона. То есть в основе лежит прозвище Жолон, которое затем превратилось в патроним Жолонко, а уже от него пошла наследственная фамилия.

Слово «жолон» неоднозначно. В украинских говорах так называли тяжёлый молоток для отбивки настыли при чистке плавильной печи и для околачивания серебряных слитков. Другое значение — «большое корыто для корма скота». Оба значения указывают на ремесло: предок мог быть плотником, бондарем или работать с металлом. Есть и третья версия — от слова «желонка» (трубка, дудка, рожок), что связывает прозвище с изготовлением музыкальных инструментов или простых бытовых приспособлений.

Фамилия распространена среди украинской шляхты и казацкой старшины, где суффикс -ский был признаком благородного происхождения. Однако носителями Жолонковских могли быть и крестьяне, получившие фамилию по прозвищу предка. Точное место возникновения не установлено, но характерные диалектные черты указывают на центральные или западные регионы Украины.

В польских источниках встречается вариант написания Żołonkowski, что подтверждает западнославянское влияние. Со временем прозвище Жолон, изначально бытовое, полностью заменило наследственное имя в документах, закрепившись как фамилия.