Фамилия Жолжаксыноов — редчайший случай в русской ономастике, и её разбор требует нестандартного подхода. Сразу бросается в глаза аномально длинный суффикс -ов в конце, который дублируется: нормативная модель для русских фамилий — это основа плюс один суффикс (-ов, -ев, -ин). Здесь же мы видим два суффикса подряд: -ын + -ов, что выдаёт искусственное, позднее происхождение. Скорее всего, перед нами результат канцелярской или паспортной ошибки, когда при записи фамилии к уже существующей основе «Жолжаксын» машинально добавили стандартный русский патронимический суффикс, не заметив, что он уже есть.

Основа фамилии — «Жолжаксын» — явно тюркского происхождения. Её можно разложить на два компонента: «жол» (дорога, путь) и «жаксы» (хороший, добрый). В казахском, киргизском и других тюркских языках сочетание «жол жаксы» означает «добрая дорога» или «хороший путь». Суффикс -ын в тюркских языках часто образует притяжательные формы или указывает на принадлежность. Таким образом, «Жолжаксын» могло быть личным именем или прозвищем, означавшим «принадлежащий доброму пути» или «тот, кто с хорошей дороги». В дореволюционной Средней Азии такие имена-пожелания давали детям, чтобы уберечь их в пути или обеспечить удачу в странствиях.

Вероятнее всего, фамилия Жолжаксыноов — это русифицированная форма тюркского имени, записанная в метрических книгах или при советской паспортизации. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из казахских или киргизских степей, где имя «Жолжаксын» было распространено, но не стало массовой фамилией из-за своей длины и неудобства для русской бюрократии. Двойной суффикс -ов в конце — это не ошибка предков, а, скорее, формальность писаря, который решил «подогнать» необычное имя под привычный шаблон. Встретить такую фамилию можно только в единичных семьях, и её написание часто варьируется: в документах одного рода может быть и «Жолжаксынов», и «Жолжаксыноов». Это одна из тех фамилий, где форма говорит об истории не меньше, чем корень.