Фамилия Жоргенбаев — редкий пример, где необычное звучание почти наверняка указывает на тюркское происхождение, а не на славянскую или европейскую основу. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -баев. В ономастике это один из самых распространённых патронимических формантов у казахов, киргизов и народов Поволжья (татары, башкиры). Он восходит к тюркскому слову «бай» — «господин, богач, хозяин». Фамилии на -баев буквально означают «сын такого-то бая» или «потомок такого-то». В русской среде такие фамилии закрепились в XIX–XX веках, когда у кочевых народов начали фиксировать родовые имена по отцу.

Корень «Жорген» — самая загадочная часть. Вероятнее всего, он восходит к тюркскому слову «жорга» (или «йорга»), которое в казахском, киргизском и башкирском языках означает «иноходец» — лошадь, которая бежит иноходью. Такое прозвище давали либо человеку, который владел особенно ценным иноходцем, либо самому умелому наезднику. В кочевой культуре конь был мерой богатства и статуса, поэтому прозвище Жорга (Жорген) могло быть почётным. Вторая версия, менее вероятная, — связь с монгольским «жорго» (поход, военный выступ), но для Поволжья и Центральной Азии первая гипотеза правдоподобнее.

Интересно, что фамилия не встречается в старых списках русского дворянства или купечества — это однозначно поздняя фамилия, сформировавшаяся в среде оседлых тюркских народов. Встречается она в основном в Казахстане, Киргизии и среди башкир Татарстана. В русских метриках XVIII–XIX веков её почти нет, что подтверждает: носители — потомки скотоводов или коневодов, получившие фамилию по отцу-баю или по прозвищу, связанному с лошадьми.

Если сравнивать с однокоренными, то Жоргенбаев стоит в одном ряду с фамилиями Жоргабаев, Жоргобаев и Йоргабаев. Разница в первой букве («ж» вместо «й») говорит о региональном произношении: в казахском языке звук «ж» твёрже, чем в татарском. Так что, скорее всего, предки носителя фамилии жили на территории современного Казахстана или южного Урала, где смешались тюркские диалекты.