Фамилия Жойкин — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка связана не с характером человека, а с его ремеслом или местом. В её основе лежит слово «жойка». В русских говорах, особенно северных и уральских, так называли небольшую лодку-долблёнку, выдолбленную из цельного ствола дерева. Соответственно, Жойкой могли прозвать мастера, который такие лодки делал, или лодочника-перевозчика. Человек, чья фамилия Жойкин, с высокой вероятностью — потомок ремесленника-лодочника.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Жойкин, то есть сын или потомок Жойки. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что слово «жойка» имеет финно-угорские корни (ср. карельское šuija — лодка-однодеревка), что указывает на возможное бытование фамилии в регионах, где русские контактировали с карелами, вепсами или коми — в Архангельской, Вологодской областях, в Карелии.

Встречается и другая, менее вероятная версия: от глагола «жохать» (бить, хлестать) или «жойкать» (издавать резкий звук, щёлкать). В этом случае прозвище Жойка мог получить человек с резким голосом или вспыльчивый. Однако лодочная версия поддерживается устойчивой лексикой промыслов и тем, что слово «жойка» фиксируется в словарях именно как название судна, тогда как глагольные формы редки и диалектны.

Фамилия нечастотная. Встречается в основном на Русском Севере и в Сибири, куда северяне переселялись в XIX—XX веках. Носители фамилии — потомки государственных или экономических крестьян, редко — мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.