Фамилия Жуанышбаев — одна из тех, что сразу указывает на своё происхождение. Она казахская, и её основа — личное мужское имя Жуанышбай, которое в свою очередь составное. Первая часть, «Жуаныш», восходит к казахскому слову «жуан» — «толстый», «полный», «крупный». В тюркской антропонимии такие имена давали не в насмешку, а как оберег: считалось, что «толстое» имя притянет к ребёнку здоровье, сытость и благополучие, отведёт болезни. Вторая часть, «бай», означает «богач», «хозяин», «господин» — один из самых частых компонентов в казахских именах, подчёркивающий пожелание достатка и статуса.

Суффикс «-ев» в конце — это уже русская адаптация. Когда в XIX — начале XX века казахов активно записывали в метрические книги и переписи, их фамилии оформляли по русской модели: к основе прибавляли суффикс притяжательного прилагательного (-ов, -ев, -ин). Так Жуанышбай стал Жуанышбаевым. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Жуанышбай, но в русскоязычной документации закрепилась именно форма с окончанием.

Географически фамилия распространена прежде всего в Казахстане, особенно в южных и западных областях — Кызылординской, Туркестанской, Атырауской. В России она редка и встречается в основном в регионах с казахскими диаспорами: Астраханская, Оренбургская, Омская области. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени отца: предок нынешних Жуанышбаевых, скорее всего, был человеком по имени Жуанышбай, и его дети стали записываться как «сын (или потомок) Жуанышбая».

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс «-ев» присоединяется к основе на мягкий согласный (Иван — Иванов, но Пётр — Петров), здесь он стоит после твёрдого «й». Это нарушает привычную русскую фонетику, но для казахских фамилий такая модель типична: ср. Куандыков, Баймуратов. Ударение в фамилии, по наиболее частому варианту, падает на последний слог — Жуанышба́ев.

Никакого другого, не тюркского, корня у фамилии нет. Версии о связи с русским словом «жуан» или каким-либо иным языком несостоятельны — это чисто казахское имя, и фамилия полностью сохранила его смысл: «сын (потомок) крупного, полного бая».