Фамилия Жуанов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов-, который присоединяется к основе на твёрдый согласный: здесь мы видим суффикс -анов, а сама основа — «Жуан». Это сразу наводит на мысль, что фамилия не исконно русская по корню, а образована от иноязычного имени или прозвища.

Самый вероятный путь — тюркское или кавказское происхождение. В тюркских языках имя Жуан (варианты: Жуан, Жуанбай, Жуанбек) встречается у казахов, киргизов, башкир. Корень «жуан» переводится как «толстый», «полный», «крепкий», но в именах он часто выступает в значении «могучий», «основательный». В таком случае Жуанов — это русифицированная форма отчества: «сын Жуана». Фамилия могла появиться в среде казачества или крестьянства на южных и восточных окраинах Российской империи, где активно шло смешение русского и тюркского населения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с калмыцким или монгольским именем Жуан (Зуан), которое восходит к тибетскому буддийскому имени. Однако для такой гипотезы нет массовых подтверждений в переписях и архивных данных — фамилия чрезвычайно редка и не имеет заметных очагов распространения.

С точки зрения словообразования, фамилия Жуанов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Чуанов, Туанов, Куанов — все они образованы по одной модели: заимствованная основа на -ан + русский суффикс -ов. Это типичный случай, когда фамилия фиксирует не славянское, а местное имя предка, адаптированное под русскую патронимическую систему. Социально носители такой фамилии, скорее всего, были выходцами из непривилегированных сословий — крестьянами, казаками или мещанами, поскольку фамилии на -ов от тюркских корней редко встречались у дворянства.

Точных исторических сведений о первом носителе фамилии Жуанов нет, но ономастический анализ указывает на её южно-уральское или сибирское происхождение, возможно, в среде оренбургских или уральских казаков, где тюркские имена активно входили в русский обиход.