Фамилия Жундугулов — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками. В русском языке она выглядит как искусственно русифицированная: суффикс -ов ясно указывает на то, что фамилию «подогнали» под привычную для Российской империи модель, добавив патронимическое окончание. Сама же основа — «Жундугул» — скорее всего, восходит к сложному имени или прозвищу, бытовавшему у народов Средней Азии, Казахстана или Северного Кавказа.

Если разбирать корень, то первая часть — «жун» (или «джун») — может быть искажением тюркского «жан» (душа, человек) или «жунг» (шерсть, в переносном смысле — косматый, лохматый). Вторая часть — «дугул» — напоминает тюркское слово «тугул» (родился, рождённый) или «дугул» (круглый, полный). Таким образом, «Жундугул» могло означать «рождённый с душой», «полный души» или, по другой версии, «косматый» — прозвище по внешнему признаку.

Скорее всего, фамилия образована от имени основателя рода — Жундугула. В среде, где фамилии давались по отцу (патроним), сына Жундугула называли «Жундугулов», то есть «принадлежащий Жундугулу». Этот тип образования характерен для многих народов, принявших русскую модель фамилий в XIX — начале XX века, особенно при переписях и паспортизации.

Географически фамилия встречается в основном в Казахстане, Кыргызстане и среди карачаево-балкарских народов, а также в южных регионах России. Встречаемость крайне низкая, что делает её уникальным маркером рода. Носители фамилии, вероятно, происходят из одной или нескольких родственных семей, сохранивших имя предка.

По сословной принадлежности предки Жундугуловых скорее всего были крестьянами или скотоводами — тюркские имена редко закреплялись в дворянских родах, где господствовали славянские или греческие основы. Точно определить ремесло или социальный статус без генеалогического поиска невозможно, но само имя-основа указывает на народную, а не книжную традицию.