Фамилия Жуненков — редкий случай русской фамилии, образованной не от распространённого крестильного имени, а от прозвища, связанного с характером или поведением. В её основе лежит слово «жун» или «жуна» — в русских говорах так называли ворчуна, брюзгу, сварливого человека. Глагол «жунить» означал «бранить, журить, ворчать». Прозвище Жун (или Жуня) давали тому, кто постоянно выражал недовольство, любил читать нотации, но без злобы — скорее, по привычке.

Модель образования проста и типична для центральной России: к основе на твёрдый согласный прибавляется суффикс -енк- (уменьшительный, указывающий на потомка или принадлежность), а затем фамильный суффикс -ов. Сначала появилось имя Жуненок — «сын или внук Жуна», а от него — фамилия Жуненков. Форма с суффиксом -енк- (-ёнк-) характерна для южнорусских и западнорусских территорий (Калужская, Тульская, Рязанская, Орловская губернии), где такие фамилии особенно распространены.

В ономастических словарях фамилия не фиксируется как частая, что подтверждает её локальный бытовой характер. В отличие от фамилий, образованных от имён (Иванов, Петров), Жуненков напрямую связана с речевым портретом предка: прозвище давалось не по занятию, а по манере общения. Параллельные формы — Жунин, Жунков — встречаются ещё реже, что делает Жуненкова уникальным вариантом.

Социальный контекст, скорее всего, крестьянский: в среде земледельцев и ремесленников прозвища такого типа были обычным делом. Фамилия не указывает на дворянское происхождение или принадлежность к духовенству — она из той среды, где человека называли по тому, как он говорил, а не по тому, чем владел.