Фамилия Жунушбаева — яркий пример тюркской модели образования фамилий, где за основу берётся личное имя, а не прозвище или ремесло. Разбор фамилии сразу даёт ответ на вопрос о происхождении: она образована от мужского имени Жунушбай, которое распространено у киргизов, казахов и других тюркских народов Центральной Азии.

Само имя Жунушбай составное. Первая часть, «Жунуш», — это местный вариант арабского имени Юнус (библейский Иона). В исламской традиции пророк Юнус почитается как праведник, которого спасла рыба, и имя это означает «голубь» или «спокойствие». Вторая часть, «бай», — один из самых частых компонентов в тюркской антропонимии, означающий «богач», «господин», «хозяин». Изначально это был социальный титул, но в именах он превратился в пожелание достатка и высокого положения. Таким образом, Жунушбай — это «богатый (благородный) Юнус» или «господин, подобный Юнусу».

Фамилия образована по типичной для русского языка модели: к основе Жунушбай добавили суффикс принадлежности -ев (фонетически закономерный после твёрдого согласного «й»), а затем — женское окончание -а. То есть Жунушбаева — это «дочь (или жена) Жунушбая». Мужской вариант фамилии — Жунушбаев. Такая форма указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде или под влиянием русской административной системы, когда фиксировали фамилии целых семей.

В отличие от многих русских фамилий, которые могут иметь несколько конкурирующих версий происхождения (от прозвища, от названия местности, от профессии), здесь версия одна и прозрачная. Фамилия недвусмысленно отсылает к конкретному предку по мужской линии, носившему имя Жунушбай. Это типично для народов, где фамилии в современном понимании появились относительно поздно — в XIX–XX веках, и происходили напрямую от имени отца или деда.

Географически фамилия Жунушбаева привязана к Кыргызстану и южным регионам Казахстана, реже встречается среди других тюркских народов. Носителей этой фамилии в России немного, и почти все они — потомки мигрантов из Средней Азии. Сословного разнообразия здесь искать не стоит: предки современных Жунушбаевых, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а имя Жунушбай мог дать ребёнку мулла или просто набожный отец, желавший сыну покровительства пророка и материального благополучия.