Фамилия Жунушова женского рода, мужская форма — Жунушов. Она тюркского происхождения и образована по очень распространённой в казахской и киргизской среде модели: к имени или прозвищу добавляли русский патронимический суффикс -ов/-ев (в женском варианте — -ова). Это типичная фамилия советского времени, когда у многих народов Средней Азии в документах закрепляли русифицированные окончания.

В основе фамилии лежит личное имя Жунуш. Это фонетический вариант арабского имени Юнус (в русской традиции — Иона). В исламе пророк Юнус (мир ему) почитается как один из посланников Аллаха, история которого описана в Коране. Имя означает «голубь», но в тюркской среде оно утратило прямую смысловую связь с животным и стало просто распространённым мужским именем. Переход Юнус → Жунус → Жунуш характерен для киргизского и некоторых диалектов казахского языка, где звук «с» на конце слова мог смягчаться или заменяться на «ш».

Таким образом, Жунушов — это буквально «сын Жунуша». Носитель фамилии, скорее всего, потомок человека по имени Жунуш. В родословной предок мог быть любым по сословию: имя не указывает ни на знатность, ни на ремесло. Встречаемость фамилии выше всего в Кыргызстане и южных областях Казахстана, где имя Жунуш традиционно популярно.

Есть и менее вероятная версия, что в основе лежит тюркское слово «жунуш» (работа, дело, занятие). Но она спорная: в тюркских языках слово звучит скорее как «жумуш» (с буквой «м»), а имя Жунуш — это устойчивая антропонимическая форма, зафиксированная в документах. Поэтому версия с именем пророка Юнуса гораздо правдоподобнее и подтверждается ономастическими данными по региону.