Фамилия Жузупбеков — тюркская по происхождению, сложная по составу и редкая для русской ономастической традиции. Её основа — мужское личное имя Жузупбек, которое распадается на две части: Жузуп и Бек.

Первая часть, Жузуп, — это один из вариантов передачи арабского имени Юсуф (Иосиф) в тюркских языках. В казахском, киргизском и некоторых других языках звук «й» в начале слова мог переходить в «ж», а «с» смягчаться или озвончаться. Так арабское Юсуф превратилось в Жусуп, Жузуп или Зузуп. В исламской традиции пророк Юсуф (Иосиф Прекрасный) — один из самых почитаемых персонажей, поэтому имя было широко распространено.

Вторая часть, Бек, — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». В составе личных имён он указывал на знатное происхождение или на пожелание ребёнку стать влиятельным, уважаемым человеком. Таким образом, имя Жузупбек можно перевести как «господин Юсуф» или «князь Юсуф», что было типичной моделью для составных имён у казахов, киргизов, узбеков и других народов Центральной Азии.

Русский суффикс -ов в конце фамилии — это стандартный способ русификации тюркских фамилий. Он означает принадлежность: «сын Жузупбека» или «из рода Жузупбековых». Фамилия закрепилась в тех регионах, где русская администрация в XIX–XX веках фиксировала имена и прозвища местного населения по отцовской линии. Скорее всего, предки носителя фамилии жили на территории современного Казахстана или Киргизии, где имя Жузупбек встречается чаще всего.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Жузупбеков — чисто патронимическая фамилия, то есть напрямую указывающая на имя отца. Это сближает её с такими фамилиями, как Ахметов, Ибрагимов или Муратов. Примечательно, что написание «Жузупбеков» — не единственно возможное. Встречаются варианты Жусупбеков, Зузупбеков и даже Юсупбеков, что отражает разницу в произношении и записи одного и того же имени в разных диалектах и при разных контактах с русским языком.