Фамилия Жывотченко — редкий случай, когда написание сразу бросается в глаза и задаёт направление поиска. Буква «ы» после «ж» в русском языке нетипична: по орфографическим нормам после шипящих пишется «и», а не «ы». Это почти наверняка указывает на украинское или южнорусское происхождение, где в диалектном произношении или при записи фамилии «на слух» твёрдый звук [ж] могли передать через «ы». Фактически, перед нами фонетический вариант фамилии Живо́тченко, которая гораздо распространённее.

В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Живо́т (или Жыво́т). В древнерусском языке слово «живот» означало не только часть тела, но и «жизнь», «имущество», «скотину» (отсюда «животное»). Прозвище Живот мог получить человек дородный, с крупным животом, либо, что вероятнее по смыслу, — зажиточный хозяин, у которого «живот полон добра». Второй вариант — прозвище от слова «живот» в значении «жизнь»: так могли назвать выжившего после тяжёлой болезни или спасшегося от гибели.

Суффикс -енк-о — типичный украинский патронимический формант, означающий «маленький», «сын» или «потомок» (аналогично русскому -евич/-ович). Таким образом, Жывотченко — это «сын Живота» или «потомок Живота». Фамилия образована по продуктивной модели, распространённой на Левобережной Украине, в Слобожанщине и в южных областях России.

Интересно, что в украинском языке слово «живіт» (живот) произносится с мягким «і», что даёт фамилию Живітченко. Вариант с «ы» — Жывотченко — мог возникнуть в зоне смешения говоров или при адаптации фамилии в русской среде, где «ы» звучит твёрже и ближе к исходному диалектному произношению. Сравните с однокоренными фамилиями Животов, Животенко, Животков — все они восходят к той же основе, но Жывотченко выделяется именно графической нестандартностью.

Встречаемость фамилии невысокая. Основные очаги — Украина (особенно центральные и восточные области) и юг России. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась в основном в крестьянской и казачьей среде. Дворянских родов с таким написанием не известно, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.