Фамилия Зильниченко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, исторически означавший «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился в казацкой среде и стал визитной карточкой украинской антропонимии. Фамилии на -енко (Шевченко, Тимошенко, Коваленко) изначально указывали на происхождение от отца, реже — от прозвища или профессии предка.

Основа фамилии — Зильниченко — происходит от прозвища или имени Зильник, Зильничий. В этом месте возникает вопрос: что означает корень «зильн-»? Самый вероятный вариант — связь с украинским словом «зілля» (зелье, трава, снадобье). Зильником или зильничим в народе называли знахаря, травника, человека, который собирал лечебные травы и заговаривал болезни. В славянской традиции зелейники были уважаемыми людьми, хранителями древних знаний о растениях и заговорах. Таким образом, первый носитель фамилии Зильниченко мог быть сыном знахаря — «Зильниченко» буквально значит «маленький зильник» или «сын зильника».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с польским словом «zielnik» (гербарий, книга о травах) или немецким «Siel» (шлюз, канал). Однако для украинской фамилии, особенно с суффиксом -енко, первая версия (знахарская) выглядит значительно более органичной. В пользу этого говорит и то, что фамилия Зильниченко почти не встречается за пределами Украины и южных регионов России, куда переселялись украинские казаки.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в Черкасской, Полтавской и Киевской областях — на землях бывшей Гетманщины, где фамилии на -енко были особенно популярны. В XIX веке носители фамилии встречались среди крестьян и мещан, но ни сословная принадлежность, ни известные исторические фигуры с этой фамилией не выделяются на общем фоне. Это рядовая, но выразительная фамилия, которая сохранила в себе память о народном целителе — человеке, знавшем тайны трав.