Фамилия Зилонова — женская форма фамилии Зилонов, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В русской ономастике такие фамилии обычно относят к числу редких, образованных от прозвища или диалектного слова, которое не сохранилось в современном литературном языке.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность (чей? — Зилонов), то есть «сын Зилона» или «человек из рода Зилона». Основа — «Зилон» — могла быть прозвищем. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным глаголом «зилонить» или «зилониться» — в некоторых говорах русского Севера и Сибири это означало «лениться, бездельничать, шататься без дела». Тогда Зилон — ленивый человек, бездельник. Такие прозвища давали не в обиду, а как характеристику поведения, и они легко закреплялись в фамилиях (сравните: Лентяев, Гуляев).

Менее распространённая, но допустимая версия — искажение редкого календарного имени. В святцах есть имя Зилон (греческого происхождения, от «зилос» — ревность, усердие), но оно встречалось крайне редко, в основном в монашеской среде. Если предок носил это имя, то фамилия могла образоваться от его просторечной формы — Зилон. Однако в крестьянской среде, где фамилии массово закреплялись в XIX веке, такие редкие имена почти не использовались, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Зилонов (и Зилонова) тяготеет к регионам, где были распространены севернорусские говоры — Архангельская, Вологодская области, а также Урал. Встречается она нечасто, и это не случайно: прозвища с корнем «зил-» довольно локальны, их фиксируют лишь диалектные словари.

Таким образом, предки носителей фамилии Зилонова, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими уличное прозвище за свой неторопливый или праздный нрав. Фамилия не указывает на знатное происхождение или конкретное ремесло — она отражает бытовую характеристику человека, что типично для огромного пласта русских фамилий.