Фамилия Зилотова — женская форма фамилии Зилотов, и её происхождение упирается в довольно редкое и неочевидное слово «зилот». В отличие от многих русских фамилий, образованных от мирских имён или профессий, эта имеет книжные, церковные корни.

Слово «зилот» (от греческого ζηλωτής — ревнитель, последователь) в православной традиции — это прозвище апостола Симона, одного из двенадцати. Симона Зилота называли так за его ревностное служение, до того как он стал учеником Христа, он мог принадлежать к партии зилотов — радикальных борцов за независимость Иудеи. Таким образом, прозвище Зилот в русской среде могло закрепиться за человеком набожным, строгим в вере или даже фанатичным в своих убеждениях. Фамилии на -ов/-ев от таких прозвищ давали либо самому носителю прозвища, либо его детям.

Однако есть и вторая, более приземлённая версия. В некоторых говорах «зилот» или «зила» могло быть искажённым вариантом слова «золото» или относиться к чему-то блестящему, жёлтому. Но эта версия слабее: во-первых, в русских говорах нет устойчивой фиксации такого значения, а во-вторых, для фамилии от «золота» были бы естественнее формы Золотов или Златов. Церковное влияние на формирование фамилий в среде духовенства и семинаристов было огромным, и прозвища вроде Зилот, Апостол, Евангел давались именно там — как искусственные, «говорящие» фамилии, указывающие на добродетель.

Интересно, что фамилия Зилотов (и Зилотова) встречается крайне редко. Основной ареал её бытования — центральные и северные области России, где было сильно влияние церковных школ. Носительница фамилии Зилотова, скорее всего, происходит из семьи, где предок либо был священнослужителем, либо получил прозвище за своё рвение в делах веры — не столько за профессию, сколько за характер.