Фамилия Зилотин образована от прозвища Зилота, которое восходит к прилагательному «золотой» (у западных славян — злотый). Вероятно, таким прозвищем нарекали либо того, у кого были светлые волосы, либо богатого, знатного человека. Однако, прилагательное «золотой» имеет также значение «превосходный». Именно поэтому прозвищем Зилота могли назвать добродушного, милого, умного, внимательного, вежливого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зилота, со временем получил фамилию Зилотин.