Фамилия Зилотина — редкий случай, когда привычное объяснение через «золото» наталкивается на серьёзное фонетическое противоречие. В исходном описании прозвище Зилота связывают с прилагательным «золотой» (у западных славян — «злотый»), но здесь есть загвоздка: в русском языке корень «золот-» никогда не давал формы «зилот-». Такое преобразование не поддерживается исторической фонетикой — переход «оло» в «и» невозможен. Поэтому версия с «золотом» остаётся народной этимологией, правдоподобной только на уровне смысла, но не звучания.

Гораздо надёжнее другое объяснение. Прозвище Зилота (или Зилот) могло прийти из церковной среды. В православной традиции известен апостол Симон Зилот — его прозвище означает «ревнитель» (от греческого ζηλωτής — ревностный последователь). В русских говорах «зилот» иногда употребляли как имя или прозвище для человека горячего, усердного в вере или деле. Фамилия Зилотина образована от этого прозвища с помощью типичного русского суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Зилотин, женская форма — Зилотина.

Итак, перед нами не «золотой», а «ревнитель» — человек, отличавшийся пылкостью и преданностью. Такое значение точнее ложится и на словообразовательную модель, и на исторический контекст.