Фамилия Зинапупкин звучит настолько необычно, что сразу вызывает подозрение в шуточном происхождении. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ по профессии (Кузнецов), эта фамилия построена по редкой модели: полное женское имя + прозвище в основе. Первая часть — Зина, сокращение от Зинаида. Вторая часть — пупкин, от слова «пупок» или прозвища Пупок.

В русской ономастике фамилии, начинающиеся с женского имени, встречаются редко. Обычно так образовывали фамилии внебрачным детям, когда отцовство не установлено: ребёнка записывали по матери. В этом случае Зинапупкин мог означать «сын Зины, которую прозвали Пупок». Прозвище Пупок в старину давали либо низкорослому человеку, либо младшему ребёнку в семье (как «пуп земли», центр внимания), либо тому, у кого была заметная особенность — например, крупный пупок.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей сын? — Зинапупкин. Обычно такие фамилии закреплялись за одним родом в конкретной местности. В данном случае фамилия могла возникнуть в среде крестьян или мещан, где прозвища были особенно цепкими. Маловероятно, что она принадлежала дворянам или духовенству — те образовывали фамилии от канонических имён или названий сёл.

Словообразовательная конструкция «Зина-пупкин» уникальна тем, что в основе лежит не имя отца, а прозвище матери. Если бы фамилия образовалась стандартно, она звучала бы как Зинаидин или Зинин. Сочетание «Зина + Пупкин» — это народная, почти анекдотическая модель, которая в XIX веке могла закрепиться как официальная фамилия в некоторых губерниях, особенно на севере или в Поволжье, где бытовали составные прозвища.

География фамилии крайне узкая. В современных базах данных Зинапупкин встречается единично, чаще всего в виде курьёзного псевдонима. Это значит, что либо род был очень малочисленным, либо фамилия не прижилась и осталась в документах одной семьи. В любом случае, её носитель может с уверенностью сказать: предки не были знатными, но точно выделялись — их прозвали по матери и по её необычному прозвищу.