Фамилия Зинегабиденов — редкий пример русской фамилии, образованной от полного арабского имени. В отличие от большинства фамилий на -ов, восходящих к крестильным именам или прозвищам, эта основа — сложносоставное теофорное имя, популярное в тюрко-мусульманской среде.

Разбираем имя-основу: Зинегабиден (варианты — Зинагабиден, Зиннатулла). Это искажённое на русский слух арабское «Зайн аль-Абидин» (زين العابدين) — «украшение поклоняющихся». Так называли четвёртого шиитского имама Али ибн Хусейна, почитаемого в исламе. Имя состоит из двух корней: «зайн» (украшение, краса) и «абид» (поклоняющийся, раб Божий). В быту у татар, башкир и народов Кавказа это имя превратилось в Зинагабиден, Зинегабит и т.п.

Модель фамилии типична для русской антропонимии: к основе добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Буквально: «сын Зинегабидена». Такие фамилии массово возникали в XIX веке, когда крестьяне и городские сословия получали официальные документы, и русские чиновники записывали отчества по отцу с русским окончанием.

Географически фамилия привязана к Волго-Уральскому региону и южному Уралу. Наибольшая концентрация носителей — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Встречается и у казахских родов, но реже. Сословно — почти всегда крестьяне или мещане, реже купцы: в мусульманской среде духовенство (муллы, имамы) часто носило фамилии без суффиксов или на -ский.

Сравните с однокоренными: Зинегабитов (с тюркским вариантом основы), Зайнуллин (от другой формы того же корня «зайн»). Вариант Зинегабиденов — самый полный, с сохранением четырёх слогов исходного имени, что выдает позднюю фиксацию в русских метриках (скорее всего, вторая половина XIX века).