Фамилия Зиноковская — редкий случай, когда географический принцип образования почти наверняка перевешивает прозвищный. Типичный суффикс -ск- указывает на то, что перед нами фамилия дворянского или шляхетского происхождения, но не обязательно: в XIX веке такую форму могли принять и крестьяне, переселившиеся из деревни с названием на -ск, -цк. В основе лежит топоним — скорее всего, Зиноково или Зиноковка. Такие названия встречаются в западных и южных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Украины и Беларуси. Если предположить, что село называлось Зиноково, то фамилия Зиноковская означает «родом из Зинокова».

Корень «Зинок» — самый спорный элемент. Скорее всего, это уменьшительная форма от имени Зиновий (Зиня → Зинок) или от редкого православного имени Зенон. В украинской и белорусской традиции суффикс -ок часто давал ласкательные или обиходные варианты: Зинок — «маленький Зиня». Менее вероятна версия от диалектного «зинок» — так в некоторых говорах называли зяблика или другую мелкую птицу, но это скорее народная этимология, не подтверждённая ономастическими словарями.

Интересная деталь: фамилия имеет ярко выраженную женскую форму на -ая, что типично для славянских фамилий на -ский. В мужском варианте носитель будет Зиноковский, но в быту, особенно в русской среде, форма на -ая закрепилась за женщинами. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Зиновьев (от того же имени Зиновий) и Зинковский (с утратой гласного). Зиноковская стоит особняком: она сохранила редкий уменьшительный суффикс в основе, что выдаёт её вероятное происхождение из малороссийских или белорусских земель, где такие формы были распространены в XVI–XVII веках.

По сословной принадлежности точных данных нет, но модель «топоним + -ский» чаще всего указывает на мелкопоместную шляхту или однодворцев, а не на крепостных крестьян. В современных реестрах фамилия встречается единично, что подтверждает её локальный характер.