Фамилия Зиноватная сразу привлекает внимание своей структурой: суффикс -ат- встречается в русских фамилиях нечасто. Обычно он характерен для прозвищ, образованных от прилагательных с вопросом «какой?»: бородатый → Бородатов, горбатый → Горбатов. В случае с Зиноватной основа, скорее всего, восходит к слову «зимоватый» или «зиноватый» — то есть человек, чем-то напоминающий зиму, холодный, суровый, либо же связанный с зимним временем года. Со временем «зимоватный» могло через диалектные изменения превратиться в «зиноватный»: в говорах, особенно северных, «м» перед «в» иногда выпадало или заменялось на «н».

Другая, менее вероятная версия — связь с личным именем Зиновий (от греческого «Зенобий» — «жизнь Зевса»). В этом случае фамилия могла выглядеть как Зиновьев или Зиновьевский, но суффикс -ат- нехарактерен для отчеств. Поэтому прозвищное происхождение кажется более правдоподобным: предка могли прозвать Зиноватым за его характер или за то, что он родился или работал зимой.

Фамилия редкая и географически привязана к южнорусским и украинским областям. Встречается в документах XIX века среди крестьян Курской и Воронежской губерний. Суффикс -ат- в этих краях был продуктивен: отсюда же фамилии Горбатов, Косматов. Скорее всего, предки-носители были простыми крестьянами или однодворцами, и прозвище закрепилось за родом без изменений.

В отличие от более частых Зиновьевых, фамилия Зиноватная не имеет отношения к церковному календарю. Это редкий случай, когда прозвище, а не имя, легло в основу, и суффикс сохранил его первоначальный колорит.