Фамилия Зиноватный происходит от мирского имени, данного по растению. В основе лежит украинское нарицательное «зиноват» — так в народе называют кустарник ракитник, который издавна ценили как лекарственное растение. Суффикс -ный указывает на характерный признак: Зиноватный — буквально «относящийся к зиновату, связанный с ним». Так могли прозвать человека, который жил в зарослях ракитника, занимался его сбором или лечил им.

Слово «зиноват» имеет славянские корни, но фамилия эта редкая и преимущественно украинская. Встречается в центральных и восточных областях Украины, где ракитник растёт в диком виде. Модель образования — прозвище, перешедшее в фамилию без дополнительных патронимических суффиксов (вроде -енко или -ов), что нехарактерно для массовых украинских фамилий и указывает на более древнюю или локальную традицию именования.

Близкие по смыслу фамилии — Ракитный, Ракитников, но Зиноватный стоит особняком, поскольку опирается на местное диалектное название растения. В документах XVIII–XIX веков могла фиксироваться в формах Зиноватний, Зиноватный, что отражает колебания в передаче суффикса. Других правдоподобных версий происхождения нет: попытки связать фамилию с глаголом «зиять» или словом «зина» (от греческого) лишены словообразовательной логики — корень и суффикс однозначно указывают на растение.