Фамилия Зинунко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко, который в украинском языке означает «маленький», «сын» или «потомок». В данном случае суффикс стоит в форме -унко, что является фонетическим вариантом, характерным для полесских и некоторых южнорусских говоров. Такое окончание встречается реже, чем стандартное -енко, и сразу указывает на регион происхождения — скорее всего, север Украины (Черниговщина, Сумщина) или прилегающие районы Беларуси и Брянской области России.

Основа фамилии — Зин- — восходит к краткой форме крестильного имени Зиновий. В православных святцах это имя греческого происхождения (Зиновий — «живущий богоугодно»). В быту имя часто сокращали до Зина, Зиня, Зинька. Соответственно, Зинунко — это буквально «маленький Зиня» или «сын Зины». То есть фамилия образована от прозвища или домашнего имени отца, который в семье звался Зиной.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -енко (Зинченко, Зиновенко), форма Зинунко сохранила архаичный суффикс -ун-, который в украинской антропонимии использовался для образования уменьшительно-ласкательных имён (например, Іванунко — «маленький Иван»). Это делает фамилию не просто патронимической, а ещё и эмоционально окрашенной — она могла закрепиться за ребёнком, которого в семье ласково называли «зинунко».

В дореволюционных метрических книгах фамилия Зинунко встречается преимущественно среди крестьянского сословия Левобережной Украины. Сословной элиты среди носителей не было — это типичная «народная» фамилия, которая не попала в дворянские родословные книги, но зато сохранилась в глухих сёлах и хуторах. Сегодня она редкая: по открытым данным, основная масса Зинунко живёт в Черниговской и Киевской областях, а также в диаспоре в Казахстане и Германии.

Спорных версий происхождения здесь почти нет: корень прозрачен, суффикс типичен. Единственная альтернатива — связь с нецерковным прозвищем Зинун (от диалектного «зинуть» — зевать, ротозейничать), но она маловероятна из-за малой распространённости такого прозвища. Гораздо логичнее держаться версии от имени Зиновий — она подкреплена массой аналогичных фамилий (Зинько, Зиновьев, Зинченко) и устойчивой словообразовательной моделью.