Фамилия Зиняева — одна из тех, что образована от просторечной, бытовой формы крестильного имени. В основе лежит имя Зиновий (от древнегреческого «Зевс» и «биос», то есть «богоугодный» или «живущий по воле Зевса»), а в народном обиходе оно сократилось до Зиняй. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Зиняев буквально значит «сын Зиняя» или «из семьи Зиняя». Такая модель типична для русских фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках, когда отчество в форме притяжательного прилагательного стало передаваться по наследству.

Интересно, что полное имя Зиновий в крестьянской и купеческой среде встречалось нечасто — его чаще давали в монашестве или в городах, а вот уменьшительное Зиняй могло быть вполне живым прозвищем в деревне. Поэтому предки носителей фамилии Зиняева, скорее всего, были людьми из простонародья: крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми, которых в документах записывали по отцу — «Ивашка Зиняев сын». Фамилия нередко встречается в центральных и северных губерниях России, особенно в бывших владениях Новгородской и Вятской земель, где имя Зиновий и его производные были популярны в XVII–XVIII веках.

С точки зрения словообразования, фамилия Зиняева стоит в ряду однокоренных: Зиновьев, Зинкин, Зиняков. Но если Зиновьев прямо указывает на полное имя, то Зиняев — на его разговорный вариант, что делает фамилию более «народной» по происхождению. Встречается и вариант написания с одной «н» — Зиняева, что не меняет смысла, но может указывать на особенности местного произношения или записи в метрических книгах.