Фамилия Злоникова — женская форма фамилии Злоников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Злоник. Основа здесь — корень «зл-», связанный со словами «зло», «злой». Но не спешите думать, что предок был непременно злым человеком. В древнерусской антропонимии имена с корнем «зл-» (Злоба, Злыдень, Злость) часто давали как обереги: считалось, что имя с негативным значением отпугнёт настоящие беды и злых духов. Ребёнок с именем Злоник, по логике предков, должен был вырасти добрым и удачливым — назло мрачному имени.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской традиции: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Злоников — сын или потомок Злоника. Фамилии на -ов в этой зоне самые массовые, но именно форма Злоникова (а не Злобина или Злоева) встречается реже, что делает её более локальной. По данным открытых источников, носители фамилии сосредоточены в основном в Центральной России и Поволжье, с заметным пятном в Нижегородской области — это может указывать на происхождение из северо-восточных земель Московского государства.

Есть и другая, менее вероятная версия: Злоник могло быть прозвищем мастера или ремесленника, связанного с чем-то «злым» — например, кузнеца, работавшего с острыми инструментами, или палача. Но прямых исторических подтверждений этому нет, а практика охранительных имён в крестьянской среде была повсеместной, поэтому «обережная» гипотеза выглядит убедительнее.

В написании фамилии обращает на себя внимание ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Зло́никова, хотя в некоторых регионах могут произносить Злонико́ва. Такая вариативность типична для фамилий с суффиксом -ик-, где ударение не закреплено строго литературной нормой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Злобин, Злыднев, Злотин, — то Злоникова стоит особняком из-за редкого суффикса -ик. Он чаще встречается в украинской и белорусской ономастике (как в фамилии Злоник), но в русской среде прижился именно в форме на -ов, что говорит о возможном смешении традиций или миграции носителей.