Фамилия Злыдарь — редкий пример того, как имя-оберег превратилось в фамилию. Её основа — нехристианское имя Злыдарь, которое давали ребёнку с противоположным смыслом: родители надеялись, что злое имя отпугнёт нечистую силу и мальчик вырастет добрым и милым. Такая практика была широко распространена у славян, и Злыдарь стоит в одном ряду с именами Некрас, Нелюб, Немил.

В основе имени лежит прилагательное «злой», а суффикс -арь характерен для обозначения деятеля: пахарь, писарь, звонарь. Если следовать этой модели, Злыдарь — «тот, кто делает зло». Однако в быту имя быстро утратило прямой смысл и стало выполнять охранную функцию.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Злыдарь, которое получал неприветливый человек или бездельник. В некоторых говорах злыдарем называли тунеядца, что подтверждает семантику «злого» как нерадивого, ленивого. Но для прозвища такая модель образования встречается реже, чем для имени.

Исторические источники подтверждают древность основы. С. Б. Веселовский в своих ономастических работах упоминает переяславльского помещика Злыдаря (1584 год). Там же встречается Злыденник Иванович Давидов (1545 год) — однокоренное имя с тем же корнем «зл-». Это говорит о том, что имена этой группы бытовали в XVI веке в среде служилых людей, а не только среди крестьян.

Фамилия Злыдарь образована без дополнительного суффикса — путём перехода имени или прозвища в фамилию в неизменной форме. Такая модель (бессуффиксная) чаще встречается у украинских и белорусских фамилий, но и в русской среде не редкость, особенно если носитель был из южнорусских или западных регионов. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, хотя отдельные носители встречаются по всей стране.

Сегодня Злыдарь — фамилия редкая. Она не попала в массовые списки распространённых русских фамилий, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждый носитель может с высокой вероятностью проследить свою линию до конкретного предка, носившего имя или прозвище Злыдарь.