Фамилия Зникина — женская форма, а её мужской вариант — Зникин. Это типичная «фамилия-отчество», образованная по простой и древней модели: к основе добавили суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Зникин, то есть сын Зники). Вопрос в том, что скрывается за основой «Зник-».

Самое прямое объяснение лежит на поверхности: прозвище или нецерковное имя Зник. В русских говорах слово «зник» (или «зника») фиксировалось в значении «исчезающий, пропадающий человек», а также «непоседа» или «тот, кто любит прятаться». Глагол «зникнуть» означал «исчезать, пропадать из виду». Скорее всего, так могли прозвать ребенка, который часто терялся из виду, или взрослого — скрытного, уклончивого человека. Фамилия могла закрепиться за его детьми: «внуки Зника» стали Зникиными.

Менее вероятная, но лингвистически возможная версия — связь с диалектным «зник» в значении «знак, метка». В некоторых северных говорах «зник» — это примета, заметный ориентир. Если так, то прозвище мог получить человек с особой приметой — родинкой, шрамом, необычной внешностью. Однако эта версия уступает первой по распространённости: глагольные прозвища в русской ономастике встречаются чаще, чем прозвища от абстрактных существительных.

Фамилия Зникин (и Зникина) — редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, не привязана к известным дворянским родам или крупным географическим центрам. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение. По сути, перед нами «говорящая» фамилия: предок носителя, скорее всего, был человеком неуловимым или прячущимся — прозвище закрепилось за ним в быту и перешло потомкам, когда на Руси начали массово оформлять фамилии (в основном после отмены крепостного права в 1861 году).