Фамилия Зойдина — женская форма от Зойдин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин (-а) в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Зойдин», то есть сын или потомок Зойды. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а, -я. В данном случае основа — Зойда.

Корень «зойд-» в русском языке редок и не имеет очевидного славянского происхождения. Самая вероятная версия — еврейские корни. Фамилия Зойдина (и мужская Зойдин) распространена среди еврейских семей, особенно выходцев из местечек черты оседлости (Украина, Белоруссия, Молдавия). В идише или иврите слово «зойд» (זייד) означает «дед» или «старик». Соответственно, Зойда — ласкательное или уважительное прозвище пожилого человека, дедушки. Такие прозвища часто давали не по возрасту, а по характеру: степенному, рассудительному, похожему на старшего в роду.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецкой или голландской фамилией Zoid (от «Seide» — шёлк). В этом случае Зойдин мог быть прозвищем торговца шёлком или красильщика. Однако для русской фамильной модели с суффиксом -ин такое заимствование нетипично: оно скорее дало бы вариант Зойдов. Поэтому версия с еврейским прозвищем «дедушка» выглядит убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Зойдин встречается в Подольской губернии, в Кишинёве и в Екатеринославской губернии. Носители были в основном мещанами и ремесленниками. Фамилия не получила широкого географического распространения, оставаясь локальной, что тоже говорит о её позднем закреплении — в XIX веке, когда еврейским семьям присваивали фамилии по прозвищам старших родственников.

Сегодня фамилия Зойдина — редкая. Её обладательницы могут с высокой долей вероятности проследить родство по мужской линии к предку по прозвищу Зойда, которого в семье уважительно называли дедом.