Фамилия Зойко — один из примеров южнорусской и украинской модели образования фамилий на -ко. Этот суффикс, особенно распространённый на территории современной Украины, в Беларуси и в южных областях России, обычно указывает на уменьшительно-ласкательное значение или на принадлежность (буквально «маленький», «сын такого-то»). В отличие от северорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на -ко фиксировались в документах раньше и могли принадлежать казакам, мещанам или крестьянам.

Основа фамилии — «Зой» — неоднозначна и даёт несколько версий происхождения. Самая прямая и правдоподобная: от прозвища Зой, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «зоить» или «заить». В южных и западных говорах (особенно в украинском языке) «зо́я» или «зой» — это крик, шум, гам. Человек мог получить прозвище Зой за громкий голос, крикливость или беспокойный нрав. В этом случае фамилия Зойко — «сын (или потомок) того, кого звали Зой».

Существует менее очевидная, но возможная версия, связывающая фамилию с крестильным именем. В православных святцах есть редкое имя Зоя (в переводе с греческого — «жизнь»). Фамилия могла образоваться от уменьшительной формы Зойка (Зойко) как «сын Зои». Однако эта версия слабее: обычно женские имена редко становились основой для фамилий в прямой форме без дополнительных суффиксов (как, например, Марьин, Аннин). Скорее всего, если имя Зоя и было при чём, то через прозвище мужчины, которого в семье называли «Зойкин» (муж Зои), что со временем сократилось до Зойко.

Географически фамилия Зойко сегодня встречается в основном на западе и юге России, а также в восточных областях Украины. Её можно встретить в Краснодарском крае, Ростовской области, в Крыму. Это подтверждает её связь с казачьей или крестьянской средой южнорусских земель, где суффикс -ко был доминирующим.

В написании фамилии нет вариативности: она пишется через «о» и не склоняется по падежам в мужском роде (Зойко, Зойко, Зойко), а в женском — не склоняется вовсе. Это типичная черта для фамилий этой модели, которые не обросли окончаниями прилагательных, в отличие от фамилий на -ов.