Фамилия Зубейко звучит так, будто её носитель был не просто человеком с зубами, а кем-то, кто эти зубы имел очень заметные. В этом есть доля правды. Это типичная украинская фамилия, образованная по распространённой в южнорусских землях модели. Суффикс -ейко (как в фамилиях Стецейко, Бондаренко) указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму. Основа же — «зуб».

Прозвище Зуб или Зубей могло возникнуть по нескольким причинам. Самая прямая — человек с большими, редкими или очень крепкими зубами. В народе такие детали внешности всегда замечали и превращали в фамилии. Но у слова «зуб» было и переносное значение. На Украине и в южной России «зубом» могли назвать острого на язык, бойкого, задиристого человека, который «зуб даёт» — то есть умеет постоять за себя. В некоторых говорах «зубей» означало зубоскала, насмешника.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с профессиональным прозвищем. Зубейко могли прозвать человека, который делал гребни для расчёсывания шерсти или льна — их в старину называли «зубьями». Или того, кто работал с резцами, зубьями на сельскохозяйственных орудиях — например, борону чинил.

Географически фамилия Зубейко плотно привязана к Украине и прилегающим регионам России. По переписям и архивным записям, основные очаги — Полтавская, Черниговская, Киевская губернии, а также Кубань и юг Воронежской области, куда фамилию принесли переселенцы. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, эта модель указывает на прямую связь с украинской антропонимической традицией, где прозвища часто застывали в такой уменьшительной форме без дополнительного патронимического суффикса. Сословно предки Зубейко почти наверняка были из казачества или крестьян — шляхетских родов с такой фамилией в реестрах не встречается.