Фамилия Зубей — редкий пример, где мы слышим не просто корень, а целое прозвище, которое застыло в форме именительного падежа. В отличие от распространённых Зубовых или Зубаревых, где суффиксы (-ов, -ев, -ин) указывали на принадлежность («чей?» — сын Зуба), форма Зубей не требует притяжательного окончания. Она законсервировала само обращение: «Зубей» — это и есть прозвище, которое дали человеку и которое стало его фамилией.

Основа, разумеется, связана со словом «зуб». Но прозвище Зубей вряд ли дали стоматологу или человеку с больными зубами. В русской ономастике прозвища по частям тела чаще указывали на внешнюю примету: большой, редкий, кривой или, наоборот, крепкий зуб. Однако у слова «зуб» было и переносное значение — острый, цепкий, въедливый человек. Зубеем могли назвать того, кто «вгрызался» в дело, спорил до хрипоты, не уступал в ссоре. В говорах юго-западных регионов (Брянщина, Смоленщина, Белоруссия) слово «зубей» могло означать насмешника или задиру.

География фамилии подтверждает эту догадку. Основной массив Зубеев встречается в Беларуси и на западе России, особенно в Псковской и Брянской областях. Это зона, где фамилии на -ей (а также на -ай, -уй) встречаются чаще, чем в средней полосе. В украинской традиции похожая модель дала фамилии Зубейко, Зубенко, но форма Зубей — без патронимического суффикса — характерна именно для белорусской и западнорусской антропонимии.

Версия о происхождении от имени Зубей как варианта крестильного имени (гипотетически от Зосима или Зиновия) маловероятна. В словарях древнерусских имён такая форма не зафиксирована. Прозвищное происхождение остаётся основным и самым логичным объяснением.

Сословная принадлежность предков-Зубеев, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилии, образованные напрямую от прозвища без оформления суффиксом, обычно возникали в среде, где не было строгой бюрократической фиксации по отчеству — то есть среди простых людей, а не дворянства. В дворянских родах такие «голые» прозвища почти не встречаются.