Фамилия Зубеев образована от прозвища Зубей, а не от слова «зуб» напрямую. Это важное различие, которое сразу проясняет, почему фамилия звучит именно так, а не, скажем, Зубов. Формант -еев указывает на патронимическую модель: Зубеев — сын Зубея. Такое окончание характерно для фамилий, возникших от основ на -ей, -ай или -ейко (сравните: Андреев, Матвеев, но не Зубов).

Само прозвище Зубей в старину было нередким. Оно могло относиться к человеку с крупными, крепкими или, наоборот, редкими и плохими зубами — в прямом смысле. Но гораздо вероятнее, что это прозвище носило переносный характер. Зубастым называли сварливого, язвительного, острого на язык человека, того, кто мог «вцепиться» в споре. В диалектах, особенно в северных и центральных русских говорах, «зубей» или «зубатый» — тот, кто любит перечить, не даёт себя в обиду.

Встречается и редкая версия, связывающая прозвище с глаголом «зубетить» (надоедать, докучать), но она менее убедительна: основа «зуб» в значении «острый, цепкий» покрывает все случаи.

Географически фамилия Зубеев тяготеет к Поволжью и Уралу. По данным переписей и метрических книг XIX века, Зубеевы фиксировались в Симбирской, Казанской и Вятской губерниях. Это говорит о том, что фамилия возникла в среде крестьян-старожилов, а не в дворянской или купеческой среде. Встречается она и у представителей мордовских народов (эрзя, мокша), где прозвища с корнем «зуб» также были распространены, но в русском языке она закрепилась именно в данной форме.

Таким образом, Зубеев — фамилия, которая прямо характеризует характер предка: не внешность, а склонность к спору, остроту языка или несговорчивость. В отличие от более нейтральных «зубных» фамилий (Зубов, Зубков), Зубеев сохранила в суффиксе оттенок прозвищной индивидуальности.