Фамилия Зубеева — женская форма, мужской вариант — Зубеев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Зубей. Такие имена на Руси давали по внешним приметам: крупные, редкие или сломанные зубы. Но Зубей могло быть и уменьшительной формой от имени Зубака, которое в старину означало «зубастый», то есть обидчивый, цепкий, острый на язык человек.

Суффикс -еев указывает на патронимическое происхождение: Зубеев — чей? — сын Зубея. Эта модель типична для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. В отличие от более частого -ов (Зубов), вариант Зубеев встречается реже, что может говорить о локальном бытовании прозвища.

В словарях древнерусских имён С. Б. Веселовского упоминается Зубей — крестьянин в новгородских землях XV века. Если предки Зубеевых происходили из северных или центральных областей России, фамилия могла закрепиться именно там. Встречаются и однокоренные Зубейкин, Зубейко — с разными суффиксами, но единой основой.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: от тюркского имени Зубай (от араб. зубай — «маленький умник»). Однако для русской фамилии с отчеством на -еев типичнее славянская основа. В любом случае, Зубеев — фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, где прозвище Зубей передалось по наследству.