Фамилия Зубкаев — редкий пример, когда прозвище или имя образовано не от зуба как части тела, а от старого русского слова «зубок», которое имело несколько значений. В первую очередь, так называли маленький зуб, но в переносном смысле — человека с характерным рядом зубов, либо того, кто умел «скалить зубы», то есть насмешника или задиру. Однако есть и более конкретная версия: в некоторых говорах «зубком» называли мастера, который вставлял или чинил зубы у гребней, борон и других орудий труда — по сути, ремесленника, работавшего с деревянными зубьями.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа «Зубкай» (разговорная форма от «Зубок» или «Зубка») плюс суффикс -ев, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?»). Получается «сын Зубкая». Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного [к’], что типично для фамилий, образованных от основ на -ь или -й. То есть исходное прозвище звучало как Зубкай — усечённый вариант имени Зубок.

Интересно, что фамилия Зубкаев почти не встречается в центральных областях России, зато фиксируется в Поволжье и на Урале, особенно среди старообрядческих общин. Это может говорить о том, что предки носителей фамилии были либо переселенцами из северных регионов, где слово «зубок» в значении «зуб гребня» было в ходу, либо выходцами из среды, где прозвища давали по мелким, но заметным чертам внешности или характера.

В отличие от массовых фамилий вроде Зубов, Зубков, Зубарев, Зубкаев стоит особняком из-за своей редкости и необычного суффиксального оформления. Если Зубов — прямая отсылка к зубу, а Зубков — уменьшительная форма, то Зубкаев уводит нас в сторону диалектного слова, которое уже в XIX веке могло быть малопонятным. Поэтому основная версия происхождения — от прозвища, связанного с ремеслом или с характером, а не с анатомией.