Фамилия Зубоченко звучит непривычно даже на фоне других украинских фамилий. Её основа — «Зубок» или «Зубоч» — сразу отсылает к зубам, но здесь не всё так прямолинейно.

Модель образования типична для востока Украины: суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) присоединён к основе Зубоч-. Эта основа могла возникнуть двумя путями. Первый: от прозвища Зубок — так могли назвать человека с крупными, редкими или крепкими зубами. Второй, более вероятный: от уменьшительной формы имени Зуб — а Зубом в старину называли не только часть тела, но и человека с цепким, «кусачим» характером, либо того, кто занимался выделкой кости или резьбой по зубу (например, делал гребни, пуговицы из моржовой кости). Форма Зубоч- с чередованием к/ч — типичное украинское явление: Зубок → Зубоч, а затем Зубоченко.

В отличие от фамилий вроде Зубов (великорусская модель на -ов), Зубоченко — продукт украинской антропонимии XVII–XVIII веков. Такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами Левобережья, Слобожанщины и Запорожья. Носители фамилии Зубоченко — почти наверняка потомки свободных людей, а не крепостных: в центральных и восточных регионах Украины крепостное право было слабым, и фамилия фиксировала личное прозвище, а не владельческую принадлежность.

Сравните с однокоренными: Зубенко (от Зуба — того же корня) и Зубко (прямое уменьшительное). Зубоченко стоит особняком — двойной суффикс (-оч- + -енко) встречается реже, он указывает на то, что прозвище Зубок уже было в ходу, и от него образовали фамилию младшего поколения. Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Сумщине, хотя встречается по всей Украине и в южных областях России, куда переселялись украинцы в XIX веке.

Сословная привязка — почти исключительно крестьянская и казацкая среда. Дворянских родов Зубоченко не зафиксировано, что логично: фамилия слишком «низовая» по происхождению, без приставок или окончаний на -ский.