Фамилия Зубочкин — из тех, что хранят в себе прозвище, причём не самое очевидное. На первый взгляд кажется, что в основе лежит слово «зуб», и это верно, но не в прямом значении «часть челюсти». Прозвище Зубочек, от которого пошла фамилия, давали человеку с приметной улыбкой: щербатому, с редкими или, наоборот, крупными зубами. В говорах «зубочка» могла означать и «зазубрину», «зубец» — например, у пилы или стены. Вряд ли это был комплимент: скорее, цепкое бытовое прозвище, которое закрепилось за человеком в деревне или ремесленной слободе.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Зубочкин — «сын Зубочка» или «человек из семьи Зубочков». Форма на -ин здесь закономерна, потому что основа оканчивается на согласный. Обратите внимание на уменьшительный суффинок -ок: он смягчает исходное слово, что типично для прозвищ, которые давали не со зла, а для узнавания. Сравните с фамилиями Зубов, Зубарев, Зубихин — у каждой своя модель, но Зубочкин стоит особняком: он образован не от прямого «зуб», а от ласкательной или уменьшительной формы.

География фамилии — преимущественно центральные и северные регионы России: Вологодская, Архангельская, Костромская области. Там же встречаются варианты написания с одной «к» — Зубочин, но это уже следы местного произношения или ошибок писцов. В дореволюционных переписях Зубочкины — в основном крестьяне и мещане, дворян среди них не отмечено. Фамилия не редкая, но и не массовая: в современных телефонных справочниках её носители встречаются нечасто.

Интересная деталь: в некоторых говорах «зубочком» называли не человека, а инструмент — скажем, зубило или долото. Если прозвище пошло от ремесла, то Зубочкин мог быть потомком кузнеца или каменщика, работавшего с таким инструментом. Но эта версия менее вероятна: прозвища по орудиям труда давали реже, чем по внешним приметам. Ономасты обычно склоняются к антропонимическому толкованию — через личное прозвище, а не через название предмета.